Not: Tasarım aracı olarak "MySQL Workbench" kullanmaktayım.

1. daima küçük harf kullanın
2. düzgün bir diagram elde etmek için parent_child şeklinde tablo isimlerinizi prefixlendirin. Örneğin:  urun -> urun_kategori bu şekilde kategori tablosunun hangi tabloya veya sisteme dahil olduğunu anlayabilirsiniz.
3. ilişkili field isimlerinde parent ta kullanılan ismi table prefix'i ile kullanın tıpkı 2 de olduğu gibi ilişkinin nereden geldiği konusunda bilgi sahibi olursunuz.
4. Sütun isimlerinde hiç bir şekilde boşluk kullanmayın. Böylelikle diagramınızı oluşturken kafanız karışmayacaktır.

Çok fazla değil ama bu standartlara uygun bir veri tabanı tasarımı gerçekleştirirseniz projelenirde çok daha rahat ve anlaşılır veri tabanlarına sahip olursunuz.

Benim şahsen önereceğim şeylerden bir kaçı ise

• Trigger kullanmaktan çekinmeyin. Child tablolarınızdaki verileri silmek için veya update etmek için kullanabilirsiniz.
• Transaction kullanmaktan çekinmeyin. Transaction hayat kurtarabilir.
• Veri tabanınızı olabildiğince esnek tasarlayın çokcana sorgu göndereceğiniz fieldlarınızı Indexleyin.

Ayrıca Google üzerinde birazcık araştırma ile MySQL üreticilerinin verdiği bir kaç konferans notuna ulaşabilirsiniz.  Dökümanın şu an yanımda olmamasındand olayı buraya ekleyemiyorum.

Workbench hakkında ayrıntılı bilgiye: http://forge.mysql.com/wiki/MySQL_Workbench
Kurulum hakkında ayrıntılı bilgiye: http://dev.mysql.com/workbench/?page_id=152

Linux Sürümünün durumu hakkında ise bilgi edinebileceğimiz sayfamız: http://dev.mysql.com/workbench/?page_id=155

Linux için kararlı sürümün çıkmasını 4 gözle bekliyorum açıkcası...